Vodíkové kompresory môžu byť rozdelené do dvoch typov na základe ich princípu činnosti: objemové a dynamické, pričom objemové kompresory sú najbežnejšie. Objemové kompresory sa ďalej delia na kompresory s vratným piestom a rotačné kompresory. 1. Kompresory s vratným piestom menia pracovný objem plynu vratným pohybom piestu vo valci; piestové kompresory majú dlhú históriu a vyspelú výrobnú technológiu. 2. Rotačné kompresory zahŕňajú lopatkové rotačné kompresory (s posuvnými lopatkami) a skrutkové kompresory. Väčšina domácich klimatizácií používa rotačné kompresory; skrutkové kompresory sa používajú hlavne vo veľkých chladiacich zariadeniach a sú tiež široko používané vo veľkých nákupných centrách a kancelárskych budovách.
Rovnako ako iné plyny, vodík môže byť stlačený pomocou piestových alebo odstredivých kompresorov, aby sa splnili požiadavky procesu. V každej typickej aplikácii by mal byť typ kompresora určený na základe prietoku vodíka a požadovaného tlaku. V prípade veľkých a stredne veľkých- hydrokrakovacích jednotiek sa na nový vodík používajú piestové kompresory, zatiaľ čo na cirkuláciu vodíka sa používajú odstredivé kompresory.